Địa bàn thị trấn Nước Hai hiện nay trước đây vốn là thị trấn Nước Hai và một phần các xã Bế Triều, Bình Long, Đức Long, Hồng Việt cũ.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một số tổ dân phố thuộc thị trấn Nước Hai.[4]

Trước khi sáp nhập, thị trấn Nước Hai có diện tích 1,23 km², dân số là 4.268 người, mật độ dân số đạt 3.470 người/km², có 5 tổ dân phố: Dạ Hương, Phố Giữa, Hoằng Bó, Phố A, Phố B. Xã Bế Triều có 12 xóm, gồm 11 xóm từ xóm 1 Bế Triều đến xóm 11 Bế Triều và xóm Quyết Tiến.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 864/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập 2,06 km² diện tích tự nhiên và 1.079 người của xã Hồng Việt; 1,21 km² diện tích tự nhiên và 1.304 người của xã Bình Long vừa giải thể; 1,35 km² diện tích tự nhiên và 835 người của xã Đức Long; 15,42 km² diện tích tự nhiên và 5.818 người của xã Bế Triều vừa giải thể vào thị trấn Nước Hai.

Sau khi sáp nhập, thị trấn Nước Hai có diện tích 21,27 km², dân số là 13.304 người.